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经过了千辛万苦，终于把村民们都迁移到了穆陵关。商毅首先下令，让所有参加了出征救援兖州的士兵们都休息三天。而关城的防务暂时仍由留守的人马驻守。并且又派出侦察队的士兵，到附近四外去打探清军的动态。
士兵虽然都休息了，但商毅还不能停下来，因为马上就要给迁进关内的村民安排住所。
商毅离开穆陵关之后，关内的建设施亠并没有停止，在唐镇的安排下，依然按原来的施工计划进行。城內的四条主干道以经全部建成，四个分区中，东南区的千总衙门和仓库都以经全部完工，千总衙门里的摆设家俱，也都安排了大部份，以经可以入住了。西南区的兵营和各个工匠作坊及操场的工程也临近尾声，可以交付使用。
而西南、西北两个居民区，以及东南区的民宅工程，仅仅只完成了临街的一排两层楼，其他的民宅还没有来得及动工，只是暂时在西南区的空地搭建了六百多个窝棚，这些窝棚虽然比不上房屋，但也能遮风挡雨，比住帐蓬还是强得多。
不过一大部份的窝棚都以经分给了先期搬进穆陵关的村民居住。而在西北区也还有数百个窝棚正在搭建中。因此这一次到达穆陵关的村民们，暂时都只能在操场和东南区的的空余地区扎帐蓬安居。
商毅决定，将千总衙门作为穆陵关的总指挥部，各级将领毎天都在这里聚集，商议军事。而周世奇和唐镇一家，都被商毅请到千总衙门里的后宅居住，因为后宅的位置不小，还是三层楼，商毅暂时也用不了这么多房间。
接着商毅将各区临街的那一排两层楼，优先分配给军队的将领，哨长家庭，以及工匠们居住，也给孙家兄弟的家属还有洋和尚阿科尼亚，都安排住在这里。而空余出来的其他房间也都用作医院、伙房、库房和备用房间。
随后就是安置村民，先前以经入住的就不动了，将剩余的窝棚全都分配给村民。当然现在也只有一小部份村民能够分到离棚，优先照顾最初三个村子的村民，而其余的暂时还是扎帐蓬安居。等新窝棚修好之后，再逐一分配。当然商毅也让工匠加紧修建，力争早曰让所有村民都搬进窝棚。
而在商毅出征之前，购买的粮食和各种物资也都到位，因此商毅也马上开始统计城里的居民、物资。才好做到心里有数，同时也是便于管理。
经过了三天的忙碌，各项数据也都被逐一统计出来。
加上从箕屋村迁移过来的人口，现在穆陵关中一共有一千八百八十三户，人口八千五百七十七人。以经大大超过了穆陵关原先设计容纳的人口数量。不过现在是非常时期，也只能尽量挤压地方。好在现在是隆冬季节，不易滋生疾病。同时山东的冬季，雨雪也不多，因此还是能度过去的。
于是商毅将人口进行了一次整理，按四十户为一个小组，以一户为小组长，付责管理整个小组；又以五个小组为一个大组，指定五个小组长中的一个为大组长，付责管理整个大组，分别登记造册。于是全城的居民共分为四十七个小组，九个大组，以后无论是分配食物、物资、住所，还是调动劳力，都将以小大组为单位。不仅方便，也便提高效率。
而现在穆陵关储备的物资有：粮食一万两千五百八十石，面粉一千七百五十石。白银有六万二千四百两，黄金一千三百六十两，其他的布料、木材、牛皮、棉花、食盐等物资，牛、猪、羊、狗、鸡、鸭等牲蓄家禽也都各有若干。
现在最重要的物资就是粮食，商毅估计了一下，目前关里的粮食差不多能够支付五到六个月，应该够坚持到这一次清军撤军。由于现在穆陵关的粮食是执行统一分配制，因此商毅也制定出毎人毎天的口粮标准，在正常情况下：士兵一天的口粮为一斤，青壮年妇女的口粮为十二两，老人为和十至十四的少年均为十两，十岁以下的儿童为八两。而到了战争的时候，则根据实际情况，另行补助。
同时商毅又对居民做出了三点规定，一、严禁打架斗殴，偷盗抢劫，一经发现，立刻逐出关去，决不轻饶。二、每天的饭食和饮用热水都由各组组长带领人手，统一到伙堂领取，各窝棚的居民的用火必须在露天指定地点进行，绝对严禁在家中点火，以防造成火灾，一但发现，处罚当天的饭食减半。三、禁止随地大小便，毎户都发给一个便桶，并指定位置倾倒，如果发现有人随地大小便，处罚每天收集便桶，清理粪便的工作。
同时商毅又组织了一支监察队，由少年队的士兵组成，每天就在城里巡察，抓到违返规定的人，立即进行处罚，并向全城公布。
另外穆陵关里的军用物资有：马三百二十七匹，生铁五千三百斤，配置好的火药一千四百斤，另有三千五百斤木炭，八百斤硝和一千三百斤硫磺。
军器方面，有铁甲两千八百四十五套，皮甲一千三百七十四套，绵甲八百七十八套，长弓四百三十八把，短弓二百一十六把，箭三万五千支，盾牌一千二百面，刀枪器械六千七面余件。
火器方面，有虎蹲炮八门，小型佛郎机炮四门，中型佛郎机炮三门。鸟铳三百0二支，其中有一百四十四支需要改造，鲁密铳一百支，其中有三十九支需要维修。
在工匠方面，穆陵关内现在有泥水匠六十二人，铁匠四十二人、木匠四十五人，火药匠十二人，郎中九人。
商毅将各工匠按自己的作坊分配，开始工作。泥水匠和木匠现先抓紧抢工，搭建窝棚，力争尽快让所有居民都搬离帐蓬。人手不够，就从居民中抽调人手帮忙。铁匠也都停下其他的工作，在孙和鼎的指导下，全力抢修需要改造修善的火铳。而火药匠一方面要将现在配料调配成火药，另一方面还要把以经调配成功的火药定各种火炮火铳的定量包装，以方便使用。郎中则是配制各种刀伤药，准备医治伤兵。洋和尚阿科尼亚现在被分到跟着郎中们一起干活。
等士兵们的假期都结束之后，商毅也在操场上招集全集士兵，为在求援兖州的战斗中战死的士兵们举行了一个盛大的葬礼，并且在城外的山上找了一块向阳的地方，统一掩埋。而且商毅亲自在坟前祭奠，给毎个死者都敬上三柱香。又在坟前重申，对死者家庭的抚恤标准不会改变。随后士兵们也集体对坟墓叩拜。表示对死者的尊崇。
洋和尚还在坟墓前念了一段祷告。虽然沒有人听得懂他念的是什么玩意，但他虔诚认真的样子，还是让不少死者的家属感动。
回到城中，商毅又下令，在城里的社庙里，为这些士兵，以及先前为保护村子而战死的团兵，全部都供上灵牌，每天都有专人供上香火，每逢年节，只要商毅在穆陵关里，都要亲自来庙里上香。如果商毅有事外出，也会委派他人代替自己来上香。这一来不是死者的家属也十分感激，就连士兵们也都受感触，不少人在葬礼都泪流满面。就连刚到穆陵关来的箕屋村的杨武丞等人也都激动异常，觉得商毅真是一个好人。
葬礼举行完毕之后，接下来就是对这次救援兖州的战斗中，有功的将士进行表彰和奖励。功赏过罚，这都是提升士气的重要方法。
根据在战场上的表示，商毅也将功劳定为一、二、三这三个等级，以后的评功，也全都按这个标准进行评比。
只要是参加过救援兖州战斗的士兵，都能评上三等战功，得到五两纹银的奖励。二等战功是授于那些在战场上作战积极勇敢，带奋力杀敌的将士，一共有九十二人，毎人可以获得十两纹银的奖励。三等战功是授于那些在战场上做出突出战绩，供献出重要策略或者是成功斩杀敌军大将的将士，这一次一共有十三人授奖，获得三十两纹银的奖励。同时还放放给他们一张简单记载所立的俱体战功的奖状。
其实按商毅的想法，还打算给每名士兵授于一枚勋章，刻上每人的名字，参加的战役名称和所立的战功等级，可以永久的保存，充份激发士兵的荣誊感。但现在条件和技术都达不到。因此只能暂时做罢，等以后有机会再给毎人补发。但尽管如此，表彰的效果也出奇的好。
人都是有争强好胜的心里，听到自己名字的士兵一个个都兴高采烈的走到商毅的面前，领取自己的奖励，而其他的士兵，还有不少围观的百姓都对他们报以热烈的掌声。还沒叫到的士兵则在下面跃跃欲试，一脸兴奋的表情等待着叫到自己。
而那些没有参加救援兖州战斗的士兵们则是一脸羡慕的看着他们上前领奖，同时在心里也暗暗下定决心，下一次战斗中，一定要争取得到出战的机会，好好表现，也为争能够立功授奖。
最后商毅又宣布,罗远斌和他们兄弟们也正式加入了穆陵军的行列中。而穆陵军中，也增加了一个全新的兵种——火枪兵。
等表彰大会开完之后，全军的士气也得到了一次极大的激发。于是商毅也趁热打铁，马上又开始对军队进行新的整编布置。