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中国科学院院士、原中国科技大学校长朱清时，9月10日从深圳代市长王荣手上接过聘书，任南方科技大学创校校长后，在全国刮起了一阵旋风。26日朱清时做客金钥匙？南都公众论坛时说，创新人才培养的困境，恰恰是建南方科技大学的原因，而出路，也就是怎么样建南方科技大学。朱清时表示，希望深圳市人大也成立类似于香港政府和高校之间的拨款委员会，可以起到政府和南方科大之间缓冲器的作用。他认为，这样既可以避免行政干预办学，也不会让政府觉得出钱办学却无法监督。（9月29日南方都市报）
在朱清时先生所谈到的创办一流大学所需具备的三个要素——即追求卓越、学术自由、学者自律——之中，最核心的要素绝非排在第一的追求卓越，而是“学术自由”或者简单地说是“自由”的问题。因为，自由和自由的精神是人之所以为人以及作为人的创造力之本的思想的培育和健康成长的最基本且必须具备的条件。18世纪法国作家与思想家邦雅曼？贡斯当在古代人的自由与现代人的自由一书里对此有相当精到的论述：“思想乃万事之本：工业，兵法，以及所有的科学和艺术，都需要运用思想。它是它们进步的原因，通过对这种进步的分析，它也开阔了自己的眼界。如果专横权力试图束缚它，道德观念就不会再健康，实用知识就不会再精确，科学发展就不会再活跃，兵法就不会再进步，工业就不会再有新的发现而繁荣。人类生活最高尚的部分如果受到攻击，很快就会感觉到这种毒害作用逐渐向最遥远的地方蔓延。你以为你只是剥夺了它某些多余的自由，或者删除了某些无用的虚饰，实际上你那有毒的武器正好戳到了它的心脏。”在此意义上，朱清时要求通过拨款委员会的缓冲和深圳市人大通过的相关法律来规避行政对学校的过度干预，以保障充分的学术自由，是相当具有远见的。然而，要将南方科技大办成世界上一流的大学，其前景仍然不容乐观。
首先，不管是深圳市通过的在财政上、制度上对南方科技大的充分支持，还是该校开始运作后将要实行的“教授治校”及“去行政化”的大学体制改革，都只是局部的结构性调整，也就是说，只是在局部营造了一个有利于打造一流大学的小气候，但是，这种小气候必然要受到中国现行教育体制——甚至政治体制——的大气候的影响。如：在课程的设置上，恐怕仍然免不了要开设那些教育部“钦定”的那些政治性课程；在本科生的招生上，仍然必须将高考成绩当成一个最重要的参数来考虑；在硕士及博士的招生上，仍然会将英语列为必考的科目等等。此外，就算校长或教授委员会有权任免教授，有权给那些杰出的人才以相应的经济待遇，甚至象蔡元培一样的，可以聘请那些没有任何名分或学历的人为教授，恐怕还是不能给这种人以教授职称这种官方认可的地位；就算该校想自行组织学科，恐怕还是必须上报教育部审批通过才能使之合法化。何况，该校所颁发的文凭或申办硕士点及博士点也仍然必须得到教育部的认同。如果深圳市及南方科技大进行的一系列改革得不到教育部和中央政府在相关配套政策上的有力支持，或者由于局势的变化，这种支持减弱了，甚至撤销了，它所营造的小气候也就不复存在了；那时，南方科技大将凭什么打造国内——甚至世界级——的一流大学呢？
其次，如梅贻琦先生所言“所谓大学者，非谓有大楼之谓也，有大师之谓也。”也就是说，一所大学是否能成为世界上一流的大学，关键取决于它的老师与学生是否具有世界上一流的创造性才能。南方科技大所招收的学生，必然是来自于其创造力在现行教育体制长期的剥夺和蚕食下已经所剩无几的，由“应试教育”培养出来的学生；而其教师团队，如果也是在这种教育体制的重压下成长起来的一代人，我们就没有理由期望南方科技大能培养出大师级的人才来。
尽管如此，仍然不能不说，深圳市及南方科技大就大学体制所进行的一系列结构性变革是一次非常可贵的改革尝试，具有重大而深远的积极意义。如果这一改革能够得到教育部和中央政府的有力支持，假以时日，我相信，培养出大师级的人才也并非是不可能的。