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而当下的大明兵制，实行的是卫所制，府县均有设，每卫五千六百人，每所数百人，分驻地方。一府设所，连县设卫，各卫分统于都指挥使司，各都指挥使司又分统于中央五军都督府。当有战事，皇帝派个文官手持印信到各卫所调兵。完事后兵将各归各卫，统帅将印信交还皇帝，所谓“将不私兵，兵不专将。”这么做能有效防止大将挟私兵，拥兵自重。而在李维这等沙场老将看来，明军制的弊端也在这里。为帅的没有趁手的副将和兵卒，每到战事一起，临急抱佛脚。从各地调来的兵将，光要磨合便需花一定的时间，磨合不好还会造成上令难以下达，各自为战的局面。因此，导致了当时明军装备虽然领先当世，战力却一直不强的怪现象。
尤其是明军也实行所谓的世袭制，父辈当过兵，其后代就要传承下去。这样造成很多有钱人家为了逃避兵役，花钱买通官府，篡改户籍。所以，当时明军在编虽众，真正能调集起来的士卒却少之又少，而这些临时拼凑的农民哪里有什么战斗力可言？
李维从军多年，自是深谙明廷军制的弊端。他要求武犇招募私兵的道理就在这里，他一一讲给武犇听，武犇嘴上赞同，但心里并不完全认可。毕竟，他认为自己手下这六万将卒哪一个都是上过沙场的好汉，近年来没少跟倭寇和红毛开仗，这些训练有素的士兵怎能不如新招的农民？
不久，江西发生水患，武犇奉命前去招募了近六千名强壮的灾民。李维亲自训练，只一个月，已然军容肃整，初现军威，武犇不由对李维的治军之术钦佩有加。
李维对武犇道：“武将军，等三个月后，我敢说他们将是咱们义军中的中流砥柱。”
武犇道：“这三个月，我也会加紧训练卫所的垛集军，到时咱们一看究竟。”
李维笑道：“呵呵，看来你还是不大服气，到时定要让你心服口服。”
这时，左游击张平海提出了自己的疑虑：“不知为何，我们已然起兵二月有余，朝廷却迟迟未发兵，真是奇哉怪也。”
李维道：“所以说，亡明，明亡，这都是天数。眼下明廷可用的卫所兵，根本不堪一击，大部分有点战力的都已被西南战事消亡殆尽。只剩下京师三大营，五军营有二十余万的兵马可用，再有就是三千营和神机营，这两营颇有战斗力。神机营的火器装备据说已经遍及全营，人人火枪，还佩有东瀛长刀，实在是恐怖。而三千营以骑兵为主，每营骑兵整备。”
武犇道：“最糟糕的是这两营据说都攥在魏阉手里，他花空了国库便是装备这两大营，从蒙古购买的骏马一次就有一万五千匹，装备了十个营不止。”
李维叹道：“不到万不得已，我想魏阉不会动用他的老底。”
张平海道：“总兵大人，反正我们现下粮饷充足，不如拿出部分去换些西洋火器，到时遇上神机营，方可与之一拼。”
李维摇头道：“粮饷虽足，却绝不可妄动，别忘了我们的人马在迅速扩充，去弄西洋火器，一个是时间恐怕不及，另外，再怎么装备也赶不上神机营了。现下咱们军中火器只有不到百分之十，依我看，火绳枪虽厉害，却有致命的缺点——连续发射速度和近战时必败。只有在守城时方起最佳效用，在平原战场，我们只要装备一只精锐的轻骑兵，便可破神机营。”
张平海道：“这么说，我们应该大大加强骑兵。”
武犇：“以我们目前的财力，最多能去购买一千匹战马。加上现有的二千匹，就有三千匹，相当于人家一个三千营，而对方少说有三十个骑兵营。”
李维笑道：“实际上能战的只有魏阉新置的十五个三千营，我们以一对十五，颇有胜算。”
众人闻言，齐齐面面相觑。心说：你虽号称不败将军，总不能以一对十五，这未免有点夸大吧。
李维看出众人心意，道：“大家都该知道田忌赛马的故事，我们骑兵虽少，但敌出神机营时，我们可对骑兵。当三千营出时，我们则对以长矛步兵。这个长矛步兵还是谷昭在对付红毛时想出来的，我已派人去收了许多二丈左右的细长毛竹，就是要做成尖矛。”
张平海道：“为何不用生铁铸造，毛竹焉能刺穿盔甲。”
李维道：“省钱，轻便。尖竹只是用来刺穿马腹，阻止战马靠近阵地时所用，由于太长，是不能用作近身武器的，用生铁锻造岂不大大浪费？”众人愕然，不当家不知柴米贵，思路果然不同。
李维继续道：“据说，西洋已经研制出燧石火枪，比火绳枪强了不少，最起码不用随时带着火了。如果能弄到这样的枪，才值得我们花费重金购买。”
武犇道：“可惜家师跟颜字寨闹崩了，不然倒是可以利用颜字寨跟红毛鬼的关系去弄些来，这里距离琉球较近，我相信不到一月定然能够运到。”
李维闻言喜道：“有没有你师父又有何关系，你亲自跑一趟颜字寨，送上重礼，海盗重利，这事他们有赚无赔，不会不动心的。况且，他们归根结底还是汉人，很多人说不定也是被魏阉逼走的。”
武犇遵令，派个干练的手下准备些钱物，奔赴小琉球去了。
接下来，李维将全军六千杆火枪全部集中起来，用来训练士卒火枪发射，要求每人必须在短时间内学会火枪的操作。那时的火枪比弓箭强不了多少，火枪的长处主要是穿透力强，一枪下去穿什么盔甲也白搭，再就是命中率远远高过弓箭。但是，射程短，发射慢是它最要命的缺点。普通弓弩基本都要比火枪射程远，尤其是一些强弩，比如神臂弩射程要远远高过火枪。而弓弩射程虽远，但命中率太低，二百米开外，基本就得靠蒙。此外，弓箭最具优势的是造价低，南方盛产箭竹，竹竿头上只需一小块锋利的铁箭头，因而造一只箭的成本极低，发射速度还快。而火枪光弹葯就颇让李维头疼了，武犇等人在举事时，虽然率先拿下了福建武库，里面存货颇丰，但打起仗来，消耗是巨大的，义军也没有再造的能力。大明制造火葯火器的制造厂只有隶属工部直辖的王恭厂，打起仗来，敌人可以源源不断的供给，而自己这方用完就没了。所以，对于火枪训练，李维只要求他们每人会使用，知道火枪的长短处就可以了。训练弓箭以及刀矛战术，方是李维的重点。
另外，为了加强军纪，以便军令上贯下达，能够严格遵从。李维效仿锦衣卫制度，也在军中设立稽查，专门暗中查看各营军务，以及将卒的军纪状况。稽查不久便汇报了几个不遵守军纪的千总，这些人常常夜里溜出军营嫖赌饮酒，部分还有勒索百姓之事。李维查实，立即在阅兵场当着所有士卒的面，把那几人当场斩首。并把被勒索的百姓也请到现场，亲眼让他们目睹勒索者的下场。千总在军中已是不低的级别。李维一次斩杀四名千总，令属下将领十分震惊，纷纷向李维求情。李维道：“各位都知道岳鹏举，诸葛武侯和孙武训兵的故事。这些个常胜将军为何能够常胜不败？”说罢环视众人，众人无语。守备赵力道：“末将认为，总兵所说的三人无不谋略过人，运筹帷幄，决胜于千里之外。”
李维笑道：“此言差矣，三人虽谋略过人，然手下将官若不服军纪，谋略再高亦无法上令下达。诸葛武侯为何有街亭之败？事后斩马谡，已于事无补，而本将就要在事前斩马谡，防患于未然。”
耿殿武道：“那几个出营寻欢作乐目无军纪的千总是该杀，不杀不足以服众，对同僚亦能起到警示的作用。只是，那陈千总因练兵辛苦，顺道在百姓家里吃了顿饭。如何就是勒索百姓了？末将听其部下说百姓是心甘情愿的，杀他似乎不妥。”