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“三贺日”刚过，战力紧缺的木叶，不得不由三代重新接任火影，紧接着村子便采取了一系列紧急政策，包括严令木叶警备队加强村子戒备，注意进出村子的可疑人物，同时通知火之国大名加强边防，防止被敌人偷袭，一些其他政策也转回到了战争时的状态。明里面已经如此紧张，暗里面更是潮流汹涌，暗部已经尽可能全部出动。情报搜集，暗中监视，都需要有人去做，所以，暗部人手出现了不足
1/4的木叶被毁，将近1/10的人员牺牲，大部分还是战斗力人员，这场九尾带来的灾难，可谓让木叶元气大伤！如果此时被其他怀有敌意的忍村趁虚而入，木叶还没有加强防备，后果可想而知！所幸，一场战争不可能说发动就发动，再加上尽可能的消息封锁，现在，只能寄希望于不要真发生战争，或者在发生战争之前尽量恢复己方的实力。
时间进入49年2月，木叶高层作出扩招暗部决定，珠华和鼬也被提前一年批准进入暗部，以尽可能早地培养两人成独挡一面的忍者。可是，这本该是一项殊荣的任命，却带给两人一个问题，因为暗部，并不是只有一个派系。
珠华和鼬两人进入暗部，必须作出选择，一个进入火影直属暗部，而另一个，则必须归为即使在暗部中也是神秘存在的“根”
“根”是指所谓的暗部特别机动部队，也就是暗部培训部。“根”由木叶高层中的强硬派――志村团藏一手建立，故此“根”的成员是直接受命于志村团藏而不是火影。正因为“根”属于强硬派系，而且所属成员幼时基本都是孤儿，所以它的生存方式更为残酷！如果说火影直属暗部还有能作为平常人生活的时候，那么“根”则是一个需要彻底杜绝感情的地方！
所谓“根”之人没有名字、亦无感情没有过去亦无未来，心中只有任务在背后支撑起木叶村这棵大树的是深扎于大地之中的“根”
这，就是“根”成员的意志。
珠华和鼬绝不可能做什么出格的事情来抗议，也不可能说出什么不进之类的赌气话语，两人，都已不再是无知的孩子。
在得知两人之中必须有一个选择“根”时，性格内敛的两人都沉默了。
最后，珠华以不可反驳的语气抢到了“根”的名额，鼬还有家人，而且，鼬曾以生命做筹码救过他，所以，这道表面上看起来很难的选择题，其实做起来，真的一点儿都不难
只是以后，鸣人要让美琴阿姨多费心了
49年4月。虽然木叶已经无数次祈求不要再有战争爆发，然而，客观始终是客观，规律正是因为多发才能被称为规律，在敌人虚弱时方侵入作为其中一条，正适用于现在的木叶。云隐村，这个在三次忍界大战中始终独善其身的忍村，终于在木叶最虚弱的时候要向木叶下刀了！而其他三大忍村――－雾隐、岩隐、砂隐，还暂无动静。
现在的木叶可谓战斗力空前不足，外部也无援手，虽然高层已经得知自来也去到了木叶和云隐的交战前线，可这依旧减不去他们多少忧虑。所幸，云隐虽然重兵囤结，似乎并没有马上开战的打算，根据赶到前线的战斗人员传回来的情报，对方像是在观望中，这也给了木叶抽调兵力的机会。也幸亏，木叶虽然战力紧缺，但从九尾袭击事件中生存下来的人，无一不是精锐，所以，木叶现在也不是到了岌岌可危的地步。
4月刚入中旬，云隐部队开始小规模的试探性进攻，俱被木叶防线坚决击退。
4月末到来，云隐部队始终没有做出什么大规模动作，有限几次还算凶狠的进攻同样被木叶击退。
5月初“根”总部。
这里是木叶地下城！四下阴暗的一个悬空“十”字天桥上，站着两个人，其中一个是一位穿着木叶元老服，有着如同吊兰般凌乱白发的老者，下巴上有一个醒目的“x”疤痕，面庞虽然已有干枯之态，却掩不住之上透露出的精神和威严！另一个是有着瘦小身影的少年，少年身穿黑色紧身衣，外面罩一件白色背带衫，背负一柄短兵刃，脸上也带着一面面具，正在听候老者的命令。
老者正是“根”首领――志村团藏，木叶元老之一；而少年不用说，自是珠华。
这里是“根”总部，圆圈城墙由工整的石壁砌成，石壁高不见顶，连太阳都要被遮住！即使在木叶最好的天气，这里也是暗无天日！所有“根”成员休息之处只有一座“十”字天桥相连，而天桥下面则是深不可测的深渊，所有出任务的“根”都会被叫到“十”字天桥中间的圆台上接受命令，此刻，珠华就是在接受任务。
镜头拉近，只听老者说道：“你的任务就是潜入云隐，搜集重要情报，可能的话，最好直接得到他们有关这次战争的具体计划安排。因为是潜入任务，所以人数不会多，‘根’这边派出一人，他们那边也会有一人，由你们两人执行潜入任务，孩子的话，应该更不容易引起对方注意。听明白的话就去寺井那里领取任务书吧。”
珠华平淡地应了一声，转身朝天桥一端而去，没走几步，却听身后的志村团藏又说道：“办事上不要输给对方的人。”珠华又答应一声，继续回走
三天后，任务集合点。
看着站在自己面前的合作者，珠华一副平静和早已知晓的表情。其实，火影直属暗部那边还能派出谁来？肯定不是鼬就是卡卡西，要说年龄的话，当然是鼬无疑。
看到珠华，鼬微笑道：“那么，合作愉快。”
出了木叶，一身普通装束的两人，直朝雷之国而去。
凭两人现在的能力，如果不是主动招惹，一般很难再遇到让两人困扰的事情。在前往雷之国的途中，经过几次作为小插曲的战斗，又路过数不清的村庄和城镇，二人于两天后进入了作为两大国中间过渡国家的一个小国――田之国，并向云忍和木叶部队交战前线靠近。
在两人抵达前线附近的一个小镇后，珠华也初步了解了这个小国的文化特色。
这个小国作为雷火两大国的过渡国，交融了火之国和雷之国两国的文化，所以在这个国家的小镇上，既能看到火之国现代化时尚的一面，也能看到雷之国淳朴剽悍的一面。总的来说，这里虽然也有黑暗的东西，但如果不是这次两大国的交战，这个国家会是一个安定祥和之处。
然而，随着战争有可能深入下去，这个国家接近交战前线的地方已经纷纷戒严，而能被收购的物资也早被买卖一空。越接近前线，气氛越是紧张，当珠华和鼬到达前线附近时，几乎已经看不到有平民存在。珠华和鼬刚靠近木叶阵线，便有人上来盘查，出示过任务证明，两人获得了进入指挥中枢的许可。
在作为临时指挥所的一栋高层楼房内，珠华见到了久违的自来也。
从侧面看去，此时的自来也脸上有着掩饰不住的疲倦，正在和奈良鹿久商量着什么。自从自来也赶来这里，就被赋予了战事指挥权，而后就又是应付战场上的事宜，又要参与计划制定，他的劳累程度，可想而知。
直到珠华假咳出声，自来也才注意到进来的他，惊讶地道：“你怎么会在这儿？”旋而想起什么一样，脸上一阵黯然，欲言又止地问：“我听说”可没等说完，自来也立即极不正经地嘿嘿笑道：“你们俩小子一来，我就能轻松一点了，哈哈”珠华能看到他笑容下的勉强，说道：“我们是代表暗部来执行任务的，请你您明白。”珠华有些生硬的语气，鼬当然注意到了！他无声地叹了一口气。
难道三个月在“根”的生活，对你影响真的这么大吗？鼬看着珠华想到。