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这一招偷换概念之术立时就将皇帝逼入了进退两难之地。
就在这时，阮大铖上了一篇《孤忠被陷之由疏》为自己进行了自辩，发泄多年来压抑在心中的委屈和怨恨。
疏中声称，他与“阉党”没有任何瓜葛，不仅拒绝了魏忠贤的任命，而且私下劝阻其他人追随魏忠贤，把他打为“阉党”是毫无道理的。是某些人的恶毒诽谤和攻击。
他在奏疏中还声称，曾经那些攻击他是小人的某些人此刻已经投降了逆贼，成了伪朝的伪官。
奏疏中言辞切切的举了几个例子，讲到科臣光时亨，为了留住烈皇，将其作为迎贼时的晋见之礼，竟以大义相激，力阻烈皇南迁之议。
讲到了大才子龚鼎孳，说其降贼后每语人以“我本要死，小妾不肯”为辞。
还说到了庶吉士周钟，说他大逆不道，劝进未已，竟上书劝闯贼早定江南，寄书其子，称闯贼为新主，盛夸其英武仁明及恩遇之隆，以摇惑东南亲友。
在奏疏的最后，他大声质问：究竟谁是真正的忠臣？是他还是那些攻击他的“贰臣”？
阮大铖的控诉，句句见血，直如利刃在南都的东林和复社子弟们心头划过，北都陷落时变节的君子，也确实给天下的读书人丢尽了脸面。龚鼎孳，光时亨向为君子中的翘楚，身为东林复社子弟，他们的变节更是给了众人一记响亮的耳光，阮大铖用这个来反驳东林的污蔑，直让他们哑口无言。
奏疏内容公诸于天下之后，朱由桦顺势将阮大铖和阉党的关系剥离了开来，表示不会推翻逆案，同时也表示阮大铖是受冤枉被牵连进去的，启用他只是不忍良才溟没，和逆案无关。
阮大铖原本与东林党左光斗等人交好，但他并不是一个铁杆东林党，曾经在人事上阮大铖与东林一哥魏大中发生了冲突，东林党经过权衡，作出了维护魏大中牺牲阮大铖的决定，阮大铖一怒之下，向朝廷揭发了东林党结党营私，专搞阴谋诡计的黑暗内幕。
其时魏忠贤对东林党人的小动作己有察觉，正准备找机会下家伙，阮大铖的奏疏使他如获至宝，于是他抓捕了东林党内的阴谋家汪文言，准备顺藤摸瓜。但因东林党集体申救，魏忠贤这才怏怏罢手。
东林党因此对阮大铖恨之入骨，把他视为“阉党”，这可真的冤枉了阮大铖，当时东林党人汪文言、魏大中等人的确在暗中操纵人事，阮大铖对他们的弹劾并非毫无道理。
阮大铖上疏揭发东林之后，为了避免报复，他辞职回家。后来东林党人对魏忠贤开战招来了灭顶之灾，魏忠贤清理东林的同时起用阮大铖为太常少卿，但是阮大铖并没有落井下石，也没有傍大腕，只干了两个多月又再次隐归，与魏忠贤脱离关系。
正因为他和魏忠贤保持了适当的距离，当崇祯诛杀魏忠贤，并上纲上限大肆牵连的时候，他虽然也被贴上阉党的标签并进入大名单，但是被判得很轻，仅被“论赎徒为民”。
严格意义上说，阮大铖确实算是被冤枉的，朱由桦的批复也是理直气壮的。
皇帝的批复让大部分朝臣的心重新安定了下来，没在跟着死硬派们起哄，成功化解了左光先发起的攻势。
虽然还有一些科道言官们依然喋喋不休，但是皇帝坚持不肯罢免阮大铖他们除了辞职也没办法。
在这次事件中，左都御史刘宗周是带头要求罢免阮大铖的言官，朱由桦没想到之前一直以公正无私，卓尔不群面目示人的他，最终竟然还是倒向了东林党的怀抱，为东林党的利益服务。让他十分痛惜。
刘宗周字起东，别号念台，浙江山阴（今绍兴）人。万历二十九年进士。为人清廉正直，操守甚严，在朝中常常敢于抗疏直言，且虽屡遭贬谪，然终不改其志。又因不做官时常讲学于山阴蕺山，所以后人尊称他为蕺山先生。
晚明时代，公认的儒学宗师只有两人，一个是心学的开创者王阳明，而另一个则是他，刘宗周。
刘宗周除了精通儒学外，向以直言敢谏闻名。
天启元年，刚刚被起复任命为礼部主事的刘宗周就干了件大事，上疏劾奏魏忠贤，并把魏忠贤与历史上著名的跋扈太监赵高作类比，狠狠的得罪了魏忠贤。
三年后，为了声援遭到阉党迫害的杨涟、左光斗等人，刘宗周又再次顶风弹劾魏忠贤，直言魏太监窃弄权柄，祸国殃民应予严惩。因此被天启严惩，革职为民，逐出都门。
崇祯年间刘宗周再次出山担任工部左侍郎，任职期间仍然保持本色，天天上疏提意见，所以即便是爱较真的崇祯也不得不承认刘宗周“清正敢言，廷臣莫能及”。
北京沦陷，皇帝殉国后，被罢职在浙江老家的刘宗周听到这个噩耗后，他毫不犹豫地选择忠于大明，并第一时间投入到挽救朝廷危亡的行动中，刘宗周一个人扛着长矛走到杭州，要求杭州巡抚黄鸣骏为崇祯发丧并起兵讨贼，黄鸣骏虽然勉强同意发丧，但是对于起兵一事逡巡不前，刘宗周又和前侍郎朱大典，前给事中章正宸等人召募义旅，谋划北上。
就在这时，福藩在南京继位登基，继承大明法统了。
章武政权组建后，重新启用了刘宗周，刘宗周不改忠直本性，自任都察院左督御史以来，大到朝廷国策大政，小到皇帝日常生活，刘宗周都喜欢插一杠子。
而对于这位名望甚高，历仕三朝的老臣。朱由桦也是十分给面子的。
比如有一次，善于观察细节的刘宗周发现皇帝身上有些酒味，于是便谏言，希望皇帝能以拯救苍生为己任，保重身体，把酒戒了。
朱由桦虽然只是难得饮酒，但他知道刘宗周是出于公心说这话的，所以很诚恳的表示了同意。
皇帝虚心纳谏，刘宗周高兴的同时也有点不好意思，便稍微松了口，要是每次只喝一杯也没什么。
朱由桦很爽快的表示，就按您说的办。
就这样，尽管朱由桦和一些东林大臣们关系比较僵，但是和刘宗周的关系还是相当融洽的。
登基月余，除了一些礼仪琐事，刘宗周也确实提过一些靠谱的建议。
如南都群臣都在商议联虏灭寇的时候，刘宗周提出了“御驾亲征”的战略思想，反对联虏平寇，他提出：“今日大计，舍讨贼复仇，无以表陛下渡江之心；非毅然决策亲征，无以作天下忠义之气”。
刘宗周认为，中都凤阳地理位置优越，“东扼徐、淮，北控豫州，西顾荆、襄，而南去金陵不远。”
刘宗周还建议皇帝亲自掌握禁军，京营提督，独断寝之。
皇帝若率亲征之师进驻凤阳，便能掌控四方，并以此为基地进行北伐。这样一来，秦、晋、燕、齐必有响应而起者。
皇帝御驾亲征，有利于发展军力，有利于提高朝廷的号召力和凝聚力，理论上来说，是一个相对可行的战略思想。
之所以没有被朱由桦采纳，原因是多方面的。
第一，朱由桦当时还缺乏足够的权力，包括用人权，财权和兵权，都被东林的实权派们掣肘着，难以大展拳脚。
第二，南京的京营虽有六万多的兵力，几百年的世袭下来，早已形同朽木，不堪一战了，是一支只能管管治安的有名无实的军队，用这样的军队，达不到居重驭轻的目的，是驾驭不了那些跋扈的藩镇，完成北伐的任务的。
第三，也是最主要的一点。鉴于屡日来和东林党之间的龌鹾，朱由桦完全有理由相信，东林党绝对有另立新君的企图，他怕自己前脚刚出了南京，东林党们后脚就抄了他的老底，在南京另立一个新君，架空他！在联想到刘宗周的东林背景，朱由桦不能确定这是不是东林的一个阴谋，借刘宗周之手，来达到推翻自己的目的，所以保守起见，他拒绝了刘宗周的亲征建言。
打击掌握实权的东林党人，控制肯听话的东林党人，拉拢拥有名望且保持中立的东林党人。这是朱由桦自登基以来一直坚持奉行的对待东林党人的策略。打一批，拉一批，再收一批，既有斗争又有团结。只有这样才能最大限度的削弱已经强大到令自己感到恐惧的东林党的势力。朱由桦心中的谋划正是如此。
而刘宗周便属于其中的第三类，是朱由桦一直想要尽力拉拢进而收为己用的那一部分。这才有了登基月余以来君臣和睦的关系。
但是，现在情况完全不同了，在朱由桦准备拉人帮助自己掌控朝政的关键时刻，刘宗周一改之前秉持公正和中立的态度，竟然还是倒向了东林党一方，为他们声张。
难道真是屁股决定脑袋？！
既然如此不识时务，那就不要怪朕了，刘先生！