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事情到了这一步，结局已经不用多想了，卢九德先是站在法理大义的制高点上，狠狠地批了一顿东林大臣们，紧接着武将们又很配合的亮出了兵刃，双重压力之下，南都诸臣自史可法以下不得不再次改变成议，同意朱由桦三日后正式举行登基大典，称帝建朝。
大明崇祯十七年四月十八日上午，南京天坛。登基仪式正式开始。
朱由桦穿着内官们送来的帝服皇冠，在黄罗伞盖下缓缓走向天坛，在文武群臣仰视的目光里，他对着列帝龛盒跪下施礼，随后起身，开始了登基演讲：
“皇帝臣由桦上告天帝，朱氏建明历经十六世，传国二百七十六年，贼陷北都，致使先帝自缢，宗室大臣蒙尘，灭国之灾，亘古未见。
然天序不可以无统，人神不可以旷主，臣由桦以崇祯皇帝之御弟，奉旨以总六师，首倡义旅，人思明德，天眷朱宗，欲以神器属于臣由桦，朱由桦心怀敬畏，惧不克负荷，贻羞后世，虔奉皇运，寅畏天威，升坛受禅，改元章武……”
全场的士民百姓都激动地仰望着朱由桦，感受着艰难时刻的新皇登基大典，俊秀小将被这悲壮情绪感染，不由得感泣，而江北四镇如高杰，刘泽清等人则面露觊觎喜悦之色，张堂功，韩诚，马雄等人则围绕着天坛不时警惕地环视观望。
“皇帝臣由桦，明告天帝，必卧薪尝胆，励精图治，剪我仇敌，复我疆宇，匡复皇明，重建大朝！”朱由桦在演讲最后，不由得提高声音，表达了复仇雪耻的决心。
现场气氛顿时热烈起来，士民百姓们齐声高呼：“剪我仇敌！复我疆宇！匡复皇明！重建大朝！”
登坛祭天仪式之后的第二天清晨五更时分，天还未放亮，当午门旁的鼓楼上传来第一通晨鼓，南京城各座城门相对的大街上街鼓齐声响应，六街尘起鼓隆隆。
随着鼓声响起，文武百官们峨冠博带，进入宫城，站在武英殿外的朝房中等候。
今日是新帝御朝听政的第一天，三通鼓过后，文武百官匆匆从朝房中走出，往武英殿行去。
诸臣到了殿门口，按照文东武西，再按照职务和品级区别，排成两班，鱼贯而入，四个御史分班面向北立，负责纠仪。
过了片刻，内官传呼：“皇帝驾到！”
朱由桦头戴十二旒冕冠，身上穿了极为隆重的冕服，他面带肃容，在一大群服饰华美的内官们的簇拥中乘撵进殿，升入御座以后，然后有仪表堂堂，声音洪亮的鸿胪寺官高唱：“入班行礼！
随即文武百官面向御座，依照鸿胪寺官的唱赞，垂首肃颜，稽首山呼万岁！
稽首是九拜中最为隆重的礼节，常为臣子拜见君王时所用。不过即便如此，不是在极其正式，极其重要的场合里臣下一般也不会用，如今是新皇登基，政权交接的重要时刻，诸臣行稽首之礼自然是理所当然的，在这一刻，东林诸臣即便对朱由桦心有微词，还是得乖乖下跪，大礼参拜。
登基典礼过后，朱由桦又在南京城大小官员的陪同下拜谒了孝陵，并特意拜谒了大明懿文太子朱标的陵寝。同时为堂兄崇祯皇帝举行了隆重的追悼活动。
傍晚时分，朱由桦又把自己登基后的第一份御札润色一遍：朕以菲德，获承大统，以临士民之上，属时多艰，未知攸济，栗栗危惧，若将陨于深渊，甲申之祸，千古未有，是用夙夜震悼于朕心，念皇兄辱于流贼，悯生灵重患于兵革，饮泣尝胆，不遑宁居，唯尔四方士民，抱负忠义，其伊恤朕躬，以共济于艰难，以致安于宗社。
州县民户募师勤王，调发之烦，当厚与抚循，赋敛之厚，当议蠲免。法令之弊，当议改更。溃兵为盗，许令自新。返邪归正者宽其前罪，能杀贼自效者以军功论。亡官失爵，全部恢复。因乱去官者，限一月还任。欠官府旧债，一律免除。许臣庶上言民间疾苦，虽诋讦亦不加罪。
贼吏为奸，罪不可贷，当遣使按治，置于典型。乎天下之士民，未忘我之祖宗，当同心以相扶；天下之军民，不愿沦于贼寇，当协力以相保守，国势既昌，天命益固，庶几邻敌悔祸，则予一人以宁，尔亦有无穷之闻，不其韪欤。故滋诏示，想宜知悉。
皇帝手书，是为御札，盖上印玺，即为诏书。当天夜里，朱由桦这份宣布登基，号召全国军民保家卫国的诏书，连夜发往南方各省，这道诏书将如同刺破黎明前黑暗的第一道曙光，让全国军民知道：福王已继承大统，大明并没有亡国，帝国还大有希望。
新皇登基第二日，吏部草拟了入阁的人员名单，上面有四个人:兵部尚书史可法、户部尚书高弘图、礼部尚书张慎言、詹事府詹事姜曰广，四个全是东林党，且都有一个共同点，得罪过朱由桦。
这份提名名单是东林党成员精心挑选规划出的，目的就是为了试探一下朱由桦对“倒福派”的态度。
朱由桦看到名单后，心下已十分了然，他连夜招来马士英、卢九德、刘孔昭、赵之龙等“挺福派”廷对商议。几乎是孤身入京的他，暂时只能依靠几个助他上位的“挺福派”来对抗东林党了，经过一番激烈的商议后，众人心满意足的离开了皇宫，为马上到来的内阁大选提前做着准备了。
第二日，朱由桦果断的否决了吏部草拟的名单，众人得知消息后很慌张，以为新皇的反攻倒算就要开始了。
正在他们积极密谋寻找应对之策的时候，朱由桦突然又给吏部下了一道手谕：“推选阁臣乃新朝首重之事，当召集五品以上文武勋贵集议，公选廷推，以示公正。朝中贤人士大夫甚多，必使人人皆有机会。”
看到这条谕令，“倒福派”的同仁们这才松了一口气，史可法考虑到新内阁的重要性，也认为搞个公开推选更有说服力，因此邀请了魏国公徐宏基、抚宁侯朱国弼、安远侯柳祚昌、灵璧侯汤国祚、忭城伯赵之龙、东宁伯焦梦熊、南和伯方一元、诚意伯刘孔昭、成安伯郭祚等一干南京勋臣来共商国是。