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混沌初开，远古部落在三皇的带领下较为和平地生活了数万年。
直到有一天，化身炎帝的人皇神农氏在石牛峰炼制丹药之时，误食一株先天灵根孕育而出的毒草——断肠草，结果因为一时无法压制毒性，肚烂穿肠，毒发而亡。
神农氏死后，众圣又推选轩辕氏立为新人皇，又称之为黄帝。
但是原本在炎帝神农氏麾下的部落族长蚩尤氏不满轩辕氏为黄帝，取大量矿石以炎帝神农氏的炼器之法铸成枪、矛、戟、盾等兵器，联合星神夸父、风伯飞廉、雨师屏翳、灵神后羿、遁神银灵子、冥神神荼、郁垒的部落对黄帝轩辕氏的部落发动战争。
轩辕黄帝率领手下兵将联合远古的妖族大军在逐鹿之野与蚩尤交战，蚩尤引来混沌之气，化作迷雾重重，困住了黄帝的兵将，轩辕黄帝则在关键时刻参悟出万星之道，造出神器指南星车，顺利突破了蚩尤布下的迷障。
迷障困不住黄帝，蚩尤氏又派出飞廉屏翳施展洪荒之力，呼风唤雨而来，黄帝的军队无法抵挡，只好败退。
妖神二族领袖东皇太一见黄帝不敌蚩尤，便与女娲商议，最终女娲把上古卷轴龙甲神章交给轩辕黄帝，让其参悟其中奥义。东皇太一则派自己的十个儿子出马帮助黄帝，东皇十子化作本体，为十只三足金乌，是盘古之眼太阳的化身。十只三足金乌飞到空中，化作十个太阳，刹那间风停雨止，飞廉屏翳败退，后羿见三足金乌击败了飞廉屏翳，拿出自己的神弓，搭弓放箭，一连九箭击毙了九只三足金乌，在他欲杀第十子时，蚩尤欲留一子为人质，遂令后羿停止放箭，让夸父将其活捉。可是这第十子速度奇快，夸父追了它数十天依旧未能将其活捉，反倒是中途被黄帝麾下的神龙应龙截杀，那时夸父已然精疲力尽，无力抵抗，被应龙所杀。
而轩辕黄帝却因为九乌皆死，十子遁逃，无法抵抗飞廉屏翳的狂风暴雨，只好派出自己堕入魔道的女儿魔僵旱魁，旱魁现世，天地大旱，风雨即止，飞廉屏翳不敌旱魁之魔力，被其斩杀。
旱魁击杀飞廉屏翳以后，黄帝乘胜追击，指挥兵马摆出从龙甲神章中悟出的奇门遁甲之阵，大败蚩尤军队。
与此同时，东皇太一得知自己的九个儿子死在后羿箭下，震怒不已。他亲身降临，同蚩尤的将领展开大战，东皇太一神力无边，他只身一人大败蚩尤的八十一的兄弟，活捉了神荼，郁垒，并以飞轮斩杀了蚩尤手下的后羿和银灵子。
蚩尤的人马惨败，死的死，降的降，最后只留下他一人顽固抵抗，无奈他身负神战八荒之力，就连东皇太一也很难将其击杀，只能用一口巨钟将其镇压，并用钟声震碎了蚩尤的魂魄，使蚩尤无法反抗。
轩辕黄帝则取一块混沌玄铁铸成了一套枷铐，锁住了蚩尤，将其流放到黎山之丘，等到在七星耀月之时，聚日月星辰四象之力将之斩杀。
蚩尤死后，他身上的枷铐被摘下抛在大荒之中，沾满斑斑血迹的枷铐，顿时化作了一片枫林，那一片片鲜红鲜红的枫叶，似在诉说着蚩尤的怨恨。
轩辕黄帝怕蚩尤死后还要作怪，便把他的身首分开：首级被安置到一处仙山之上，伏羲与女娲两兄妹分别施法将之封印，女娲以自身灵力化为一块仙石把蚩尤之首封印其中，伏羲则在仙石之上按周天政历，九宫八卦布下禁制，使蚩尤之首无法破石而出；身躯被打入幽冥地底的最深处，东皇太一布以十方幽冥混沌之力镇压，但是蚩尤的怨念难平，镇压之处还是常常冒出一股红色的雾气，直冲云霄，仿佛是一把冲天的利刃。
涿鹿之战最终以轩辕黄帝胜利告终，这场远古的大战造成了混沌初开以来最大的一次伤亡，数以万计的洪荒人族相继陨落。
远古大战结束，伏羲，女娲借此机会退位让贤。而东皇太一被众人推选为号令万天的神皇天帝，轩辕黄帝则成为了号令万地大地皇者。