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人类补完委员会召开紧急会议。
“EVA系列不可能天生就拥有的S2机关，竟然通过这种方式自己取得。”一个阴阳怪气的声音说道。
“剧本刚开始就出了偏差，碇，你要负责。”
“这个是意外情况，原因已经查明，驾驶员被使徒之血污染导致初号机失控，具体报告我会在三天内提交。”老碇辩解道。
“必须要对初号机做出限制，毕竟那是神的力量。”
“好好利用NERV吧，碇，不要让我们失望。”基尔议长做出总结。
老碇离开后，委员会非常不满。
“碇源渡，也许一开始把NERV交给他就是个错误。”
“可是没有他一切计划都无法实行。”
“我们得给他系上告警铃铛。”
……
老碇回到自己的办公室，脸色阴沉无比。
“计划太过提前了，要修正可不容易，应付那帮老人不容易吧。”冬月道。
老碇扶了扶眼镜，“没关系，这本来就在计划中，提前发生了而已，省了我很多功夫。一开始方向有误比较容易纠正，总比进行到关键出错好。没想到他们研究了十几年的S2机关，被初号机先得到了，对神的力量存在恐惧在所难免。”
现在初号机的状态相当于一个没有灵魂的使徒，只要置入人类驾驶员，就有了灵魂。相当于智慧之果与生命之果的融合，力量一旦爆发起来后果难料。
按照TV版与旧剧场版的剧情，人类补完计划，分别由SEELE和碇元渡这两条线在进行。并且进行过程中有互相交叉冲突的地方，比如说在对初号机的利用上，SEELE之前并未打算将初号机作为最后处刑的对象，之所以最后不得不使用初号机，是因为失去了原版朗枪的情况下已经无法使用莉莉丝实施处刑，所以只能使用莉莉丝的“唯一分身”初号机。而另一方面，初号机是否能成为神对于碇元渡来说是至关重要的。于是在这个问题上双方就有了必然的冲突。
SEELE的人类补完计划是以死海文书为剧本来执行的，上面记载并预言了所有关于使徒、亚当、莉莉丝、人类的来源以及未来。死海文书的预言部分，总体来说还算是靠谱的，毕竟上面说道了使徒的入侵，并且单从结果上来看，第三次冲击的发生也被其言中。
然后结合SEELE这个团体本身的意志来看，该组织的实际地位与权利都高于联合国，幕后操纵力强，能够直接调用国际储备，只要内部达成一致，就无需再向外界征求意见。
SEELE在很久以前就已经成立，在漫长的历史进程中，老人们开始对自己所属的人类产生蔑视情绪，在学习圣经得知人类是带着原罪出生后，这种情绪就更加强烈，为此他们尝试人类的进一步进化，却苦于没有正确的引导与方案，此计划暂时搁浅。而这就是SEELE本身的意志，任何组织一旦有了这种意志，它就会疯狂地搜集能够佐、引导、传播它的意志的教科书，然后根据这个教科书去照本宣科。没错，在SEELE看来，死海文书就是再好不过的教科书。
死海文书之所以能被SEELE升格为纲领性文件，就是因为它那后半部分的预言，人类将被补完，集体回归莉莉丝，之后就可以统一为一体，产生新的进化生命体。这种看似进化人类，实则灭亡地球论调，正好与SEELE的老人们的想法不谋而合，并且在上个世纪那个末世论横行的年代，死海文书对SEELE那帮冥顽不化的老头们来说简直就是救命稻草，他们总算找到一处能使自己心安理得的避难所。
在此之后，SEELE忙不迭地制定人类补完计划，紧接着又人为引发了第二次冲击，之后一边不惜巨资成立NERV及其配套设施（包括EVA零号机到伍号机），一边催促碇源渡赶紧照他们的要求进行计划的操作，他们就等着坐享其成，等着变成LCL，这就是他们所期盼的人类美好补完结局。
第二次冲击是SEELE引导的，但在当时它是拯救了全人类的。如果它不通过发动第二次冲击来使亚当胚胎化并且捕捉之，那么亚当就有被使徒抢先一步进行补完的可能，假如使徒补完成功，全人类就要面对被当作祭品的命运，人类全灭。然后通过第二次冲击，SEELE付出了损失全球一半的人口的代价，却保护了剩余的人类，同时将亚当复制，制造了EVA以对抗使徒。而且后来SEELE指挥NERV不断击杀使徒，在一定意义上也起到了保护人类的正面作用。
在客观上，SEELE的分水岭是渚薰的死，渚薰死亡后，3到17使徒全员灭亡，人类已经失去了补完上的对手，也就不必担心会被当做祭品而全灭。但是此时SEELE依然坚定不移地执行着自己的人类补完计划，而这么做却会使全地球人类灭亡，SEELE很清除这一点，所以在此时，SEELE等于说是从使徒手里拿过接力棒，正是开始蔑视人类现有的生命，在道义上已经彻底地蜕变为一个邪教组织。SEELE开始发动第三次冲击，目的是让人类自行赎罪。作为人类补完计划的领导者，基尔议长一直对人类的自行赎罪抱着虔诚的心态。
说完了SEELE，再回头来理论一下碇源渡这方面的真实意图。虽然他也不是什么好人，相比较而言，却比SEELE要有人情味儿得多。
纵观整个动画，碇源渡的一生只在乎一个人，那就是他的媳妇碇唯。碇源渡原本姓六分仪，后来为了追老婆连姓都改了，当然也有说法是为了向SEELE靠拢，这都无所谓，总之是姓了媳妇的姓。他的一切计划，都就是为了再与碇唯相会。碇源渡的计划其核心宗旨是要与妻子唯相见。当然这是非常笼统的说法，按照碇源渡的性格，计划搞了这么大，很明显这个相见不是牛郎织女似的，而是一种为了高端也更为贪婪的形式。
（1）碇源渡自己本来就是有野心的，他不赞同SEELE的赎罪式补完，而坚信人类可以直接成神，所以一直主张“人工成神之道”。
（2）唯的事故，不论碇源渡之前是否知晓，客观上确实让碇源渡更为坚定了推行自己计划的想法。即让唯神化，之后自己神化，他们二人（二神）一同样的神的身份相会。
（3）SEELE的计划与碇源渡的计划实际上是有一部分交集的，即消灭所有使徒（使徒要来找亚当，他也需要亚当）。这也是碇源渡能够跟SEELE合作那么久的原因。
（4）碇源渡在初号机对第14使徒力天使上这一点与SEELE产生了分歧。初号机攫取了第14使徒的S2机关，成为了神。这是SEELE所惧怕看到的，因为这种行为在SEELE看来实际上是更大的罪恶。而初号机成为神却正是碇源渡想要的，他想要唯成神。
（5）在对待朗枪的态度上，碇源渡也与SEELE持截然相反的态度。朗枪是化作生命之树的道具，是赎罪仪式中的核心物件。而碇源渡不要赎罪，所以朗枪绝对不是碇源渡希望看到的东西，最好能丢的越远越好。于是他趁第15使徒空天使来袭之时，以近乎拙劣的理由命令零号机使用朗枪攻击。这也让SEELE方面十分震怒，同时对碇源渡彻底失去信心。
（6）初号机成神之后，碇源渡需要的是自己成神。但是碇源渡很明显不可能像初号机那样获得S2机关，唯一可行的办法就是利用手中的亚当胚胎。并且使用丽，将他带往莉莉丝的身体。届时，亚当的身体加莉莉丝的身体等于神，同时加碇源渡自己的灵魂与自我意识，这就是他最终的目的，
如果碇源渡成功了，首先SEELE是肯定要被他剿灭的，那是对他最大的威胁，当然EVA各机体也肯定要毁掉。其次是普通人，碇源渡最有可能的做法是当上这个世界的领导者，他已经是神了嘛，碇唯自然成了神后，然后就是千秋万代，一统江湖。但是这些其实都是黄粱美梦，最后故事的发展并没遂了碇源渡的心愿，原因只有一个，绫波的背叛。
碇源渡当时的做法很明确，自己已经和亚当处于半融合状态，接着自己与绫波融合，绫波带着他再与莉莉丝融合就大功告成！但是进行到要与绫波融合的时候，绫波把碇源渡手中的亚当吸取掉后，将碇源渡的手排斥了出去，自己飞空与莉莉丝融合去了，丢下了碇源渡在原地发呆。究其原因，是绫波拥有了自我意识，她想按自己的想法去做，她想去找正在惨叫的碇真嗣，她不想成为碇源渡的玩偶。这是碇源渡最大的悲哀，无论再怎么克隆碇唯，绫波终究不是她本人，终究会在最后舍弃他。眼看自己失败，既然找媳妇重逢不成，就又想起了自己的儿子，又觉得对不起儿子，最后在被补完的时候，他选择了自己被初号机吃掉的意向，而那时初号机代表这碇真嗣。而那个恐怖的意向表达的是碇源渡对儿子的歉疚与后悔，也是作为企图染指神权的惩罚。
在实际的剧情中，碇源渡计划的实际效果只是造就了一个即拥有神格又拥有人格的大号绫波（拥有亚当与莉莉丝的身体以及莉莉丝的灵魂相当于神格，拥有丽的自主意识相当于人格），且大号绫波不听命于碇源渡而投奔真嗣（此为意外）。这一点亦在SEELE的计划之外。这样，SEELE的计划被这样一个神人绫波插手，形式上就大不相同了。且补完亦没有“完全”顺应SEELE的目的，结果上SEELE的计划也失败了（真嗣和明日香依然以个体的形式存活了下来）。
在大号绫波浮上天之后，立刻同化了量产机（量产机生出绫波的头，且贰号机的头也变成了绫波的样子说明贰号机也被同化了），这可以理解为原版莉莉丝和亚当结合之后产生的神所具有的“神力”。一开始补完的过程似乎也与SEELE料想的没什么偏差，由于真嗣的厌世导致人类全部化为LCL，灵魂被回收到莉莉丝之卵黑之月中。但结果还是不一样了，要是没有大号绫波的帮助，真嗣也许早已失去了自我，而正是绫波的循循善诱，真嗣最后还是认清了现实，不愿浸淫在虚幻的欢乐中，而是回到了虽然会彼此伤害，但是却无比真实的现实世界。
亚当与莉莉丝的合体，并且拥有莉莉丝的灵魂以及绫波丽的自主意识。这样这个神一样的存在打乱了所有的补完计划。从此补完计划将完全按照碇真嗣的意愿来进行。
经过上面的分析，可以总结一下补完要的具体条件和道具了。
（1）人类的补完，首先需要莉莉丝的身体或者是莉莉丝的复制体（初号机），还需要朗枪或者山寨朗枪。到底用哪个取决于手中有没有原版的朗枪。有原版朗枪则可以使用莉莉丝的身体，无原版朗枪则只能使用山寨朗枪加初号机。之后需要量产机作为祭品参与补完的仪式，并在仪式中献出自己的生命（S2机关）。当然，最后还有一样道具，就是全体人类。
（2）使徒方面的补完需要亚当的身体。所谓的人类补完计划的情况大致就是这样了。从实际的结果来看，碇源渡的计划完全失败。SEELE的计划本来成功了大部分，但是在最后，由于一个小小人物的选择，他们也彻底的失败了。
实际剧情中发展出来的人类补完计划，是SEELE、碇源渡、大号绫波三方共同参与的混合体，而到最后，一切又都取决于真嗣的决定。
不过，这个崭新的EVA世界，补完计划真的如此吗？