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就像查尔斯教授说的，洛根几人离开地球后，地球上发生了很多很多事。
首先是神盾局被解散了，尼克.福瑞也不再是局长了。现在的神盾局由明转暗局长也换成了在纽约大战中被洛基杀死后又被尼克.福瑞救活的菲尔.科尔森。
九头蛇的势力盘根错节，自二战胜利以来他们就开始侵入各个机关部门，被尼克.福瑞一手壮大的神盾局更是成了九头蛇成长的温床。
为了铲除对九头蛇为威胁的人，九头蛇的几个最高领导利用手里的权力建造了三架围绕地球运行的高空航母，待航母升空后就可以靠着一款运算和航母上的武器一次性消灭所有会和九头蛇作对的人。
察觉到惊天阴谋的尼克.福瑞遭到了追杀，在追杀途中尼克.福瑞假死逃过了一劫，而后尼克.福瑞利用自己的假死以及美国队长，娜塔莎特工等人破坏了九头蛇的计划。
虽然计划被破坏，但是已经被九头蛇渗透的神盾局也不能再继续运行，由科尔森领导的神盾局其实已经成了非法组织，但是即使如此，那些九头蛇的剩余势力仍旧要靠神盾局来解决。
神盾局的事刚解决钢铁侠就出事了，托尼的别墅自由之城被一伙自称为曼达林信徒的不法分子给炸了，很多人以为托尼在爆炸中牺牲了，但是九死一生脱离危险后的他最终还是找到了真正的“曼达林”将其消灭了。
曼达林的事解决后神域阿斯加德又出事了，千年前被奥丁消灭的只剩一小部分的黑暗精灵再次卷土重来。黑暗精灵依仗的是一种能改写现实的武器，当时正逢九界连城一线的时刻，黑暗精灵企图依靠那种武器将九界全部化为黑暗的世界。黑暗精灵最后都被雷神托尔消灭了，但是托尔的母亲和他的弟弟洛基都在那场争斗中丧失了生命。
这些还只是复仇者们的事情，变种人和普通人之间的矛盾冲突也是一次高过一次。
几个刚获得能力的变种人因为能力失控对社会造成了危害，这使得抵制变种人，对变种人进行法案注册的事再次被提上了日程。
万磁王在海外创建的变种人自由国度基诺沙岛受到了袭击，袭击者是一帮自称厌恶变种人，希望全天下的变种人全部消失的反变种人联合队的人。
这种打着反变种人的口号暗中杀害变种人的人以前也曾活跃过，只是后期在万磁王的手下和X战警的调查打击下没有了声息，现在不知怎么又出来活动了。
查尔斯教授的心灵感应能力并不是无所不能的，不光万磁王的头盔可以屏蔽他的感应，现在由高科技做成的蓝牙耳机式的脑电波屏蔽器也能屏蔽查尔斯教授的感应。
对方这次又备而来，查尔斯教授用脑波强化机搜寻后也是未果，反变种人联合队的人日益猖獗，变种人和普通人的关系也越来越紧张，眼看着双方都走到了悬崖边上打起来了。