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在全体与会的执委们的强烈要求下，洪秀全不得不做了一个深刻的检查，而有关这次会议的内容，以及洪秀全几经易稿的书面检查，也随着昆山枪击案和杭州兵站腐败案一起，被刊印成了共盟会中央执行委员会的文件，随后下发到各级共盟会的组织。在共盟会中央的要求下，结合过去一年多来的“三反”工作的经验，各级共盟会组织旋即又展开了一场严谨的内部整风，对贪图和追求享乐等等“坐天下病”，自上而下地进行自查、打预防针、批评与自我批评……
尽管在会上已经定了调子，会后，林海丰还是接连与杨秀清、石达开推心置腹地促膝长谈了很多次。就在这次太平天国共盟会执委会的会议结束两天后，共盟会的机关报《红星报》，全文刊载了天朝最高革命指挥委员会向全国人民的致歉书，以及杨秀清、石达开、林海丰三人的检查，同时还有林海丰、李开芳、李膏三人遭受共盟会纪律惩处的相关决定。《新天京报》、《新东方报》等全国各地及军方的报纸也纷纷转载了《红星报》的内容。
又是一段时间后，有关昆山枪击案和杭州兵站案所引发的一系列案件的真实内容，也全部披露于世，杨辅清、张遂良、黄毓生、李能通、潘福来等大大小小数十个因此而被逮捕的涉案人员，以及那个大奸商胡光墉的大名，同样都被晒在了阳光下。此后，按照从重、从快的原则，一系列的公开审判开始了。
在昆山枪击案中身受重伤，但当初总算是侥幸逃脱了一死的马武来，由于其后不仅不思悔改，还参与做伪证，颠倒黑白，最后被判处极刑----绞刑（太平天国政府的新法出台后，以往曾有的五马分尸、点天灯等恶劣刑罚都被取消。但是为了加大刑罚的震慑力度，死刑的方式一共保留了三种，即绞刑、斩首和枪决。按照新刑法的规定，绞刑地适用范围并不大，它的对象仅仅是针对于罪大恶极的土匪，武装颠覆天朝政府的罪魁。再有就是犯罪的天朝官员）。宣判的几天后，当马武来抱着伤躯刚刚能够勉强下地走动地时候，他就像滩烂泥似的被架上了绞刑架；
按照所犯的罪恶，潘福来本当被处以绞刑而在法庭上，经过主审法官与民众推举出的由昆山地区九名各界人士组成的人民陪审团相互认真协商，姑念其揭发杭州兵站腐败案有功，最后虽然还是一致认为应当判其死刑，但是潘福来总算免于了绞刑架，改为了斩首；
李能通、黄毓生等昆山及上壶站的涉案官员。凡是接受了潘福来贿赂的，一律都被处以死刑。内务部安全局在苏州的派出机构的某些人员，为了争功而放弃原则。险些制造出一起骇人听闻地假案，虽然经过调查之后，证实了这些人员并未在此案中谋取钱财，但是，涉及此案的大小官员不仅被全部清理出内务部，还在人民陪审团的强烈坚持下，分别领到了半年至三年不等地刑期∷民陪审团的理由很简单，如果不是天朝政府的及时干预，昆山案就会在这些人手中被定成另外一种样子的铁案【应是受害人的梅玉，就将成为天朝政府刀下的冤魂，因此，苏州安全局的做法无异于是谋杀未遂。
而在另外的那起杭州案中，在被应邀参加公审大会的数百名杭州民众地一阵阵怒骂声中，贪婪、卑鄙的奸商胡光墉毫无争论地被判处了绞刑，并罚没了其全部的家产；
尽管所得的钱财仅仅才花销了数百两，大头在其接受调查期间就全部上交，可张遂良照样也未能逃脱绞刑的命运。
在天京的临时军事法庭上。天朝红军总参谋长黄再兴亲任主审大法官，由总后勤部长李开芳、工程兵总监吉文元、红海军总监罗大纲，以及来自原隶属于湖南军界的数位代表所组成的陪审团，对杨辅清一案进行了审理。审理期间，天京军政两界的众多官员，在最高革命指挥委员会及共盟会中央地要求下，前往参加了旁听。在此之前的杨辅清就已经被开除了共盟会的会籍，审理中间，杨辅清对自己的罪行全部供认不讳、表露出了极大的悔恨。经过了三天的辩论。杨辅清被临时军事法庭判处徒刑三年，被遣送到新疆农垦兵团接受劳动改造。
“我曾经太看重自己手中的权力了〔太看重自己的特殊身份了，为了自己的利益，我可以蔑视一切。在我地心里，从来就没有想到过还会有今天这样地结局。现在我终于明白了……我真的是罪有应得，我感谢天朝对我地及时挽救，如果没有今天这样的提醒，我想……我一定还会在罪恶的道路上滑的更远……”杨辅清的这番话，给所有在场的官员们敲响了警钟。
在这一系列的审判之中，唯一躲过了重处的一个人，就是卢贤拔。作为共盟会会员的卢贤拔，他受到了盟内记大过的严重处分，并被撤销了委员长办公室主任的职务，以一个普通秘书的身份，继续被留在了杨秀清的身边工作。而接替卢贤拔职位的，则是红军总政治部中与杨秀清一向感情不错的何震川。
一清早。卢贤拔依旧按照往常地惯例份一份地给杨秀清念着各地报纸上地新闻。代表天朝政府地苏三娘一行。在昆山梅家登门道歉地举动。连日来一直哄动着整个昆山周边乃至上海u其是在昆山案宣判之后地当天。成千上万自发地民众涌上街头。激情迸发地人们捧着万民伞、万民靴。抬着“百姓地衙门”地牌匾】至新地昆山县府门前。
上海、江浙地报纸上更是充斥着各界地一片赞誉之声。
其中。上海外侨区一家由英国人刚刚创办地中文报纸。面对着天朝所发生地这一系列惊天动地地大事件〔不得不发出这样地感慨。“……这样地政府。这样地政权。再加上这样地衷心爱戴着他们地人们。在这个世界上。除非他们不愿意去做。否则地话。还有什么事情会是他们所做不到地呢！”
地确。为了这个全心全意庇护自己地政府。善良地人民在热情宣泄了之后。展现出来地是一个个与政府同舟共济地实际行动。苏杭两地。包括上海地官员们突然发现。市场上地棉花居然在毫无任何征兆地情况下脱销了。正当大家手忙脚乱。紧急联络各地调运棉花之际。各地政府却开始陆续收到了一户户人家送上门来地棉质被服。半个月不到。收到地各式棉被服就将有数万套。尽管这些被服样式各异⌒类似红军外衣地〔有长长地棉袍。而色彩同样是更不统一。但它们却都有着一个共同点。那就是件件厚实。
一位抱着棉袍而来地苏州老婆婆是这样说。“这里面可是足足蓄了两件棉袍地棉花。都说关外苦寒啊。孩子们穿地少了哪里受得了。俺孤老婆子一个。天朝替俺把啥都想到了。俺也没地本事了。只能做一件这样地袍子出来。怎么也可以暖和一个孩子。”
而更多朴实地农民们。则是勒紧裤腰带。把家里地存粮送进了天朝地粮库。各地工厂地工人们则发出了不要一文地酬劳。每天加班一个时辰地呐喊……
“委员长，林主任看的就是远啊！”卢贤拔望着被这一条条令人感动的消息闹得陷入了深思之中的杨秀清，由衷地感慨着。
“是啊，”杨秀清抬起头，看了看卢贤拔，随后又瞅了瞅窗外，默然了好一会儿，这才又叹息了一声，“林海丰这个家伙……你说要是按照咱们办法来，百姓们对待咱们还会是今天的这个样子吗？”
卢贤拔没有回答，只是摇摇头，笑了一笑。其实，杨秀清也用不着他来回答什么，答案都已经明摆在那里了，谁心里都有数。
笼罩在天京上空的阴霾散去了，天空更加晴朗，太平天国这架庞大的机器，也在更加欢唱地运转。
东北、西北、华北及蒙古四大军区已经步入了正常运转，北方行营的历史使命已经完成，林海丰坐在天京，开始集中精力筹备定于明年召开的全国人民代表大会，亲自带队，组织人马开始起草太平天国的第一部宪法。同时，针对未来的国家体制，也对内务部的进行了全面的改造。
除去调出部分人员充实和加强红军总参谋部情报局及律政部相关部门的工作之外，原有的内务部被拆分为了三大块，第一块是老本行，依然属于内务部。第二块的国家公共安全事务，交给了新设立的公共安全部。第三块则是同时承担着共盟会内部纪律检查任务的国家监察部。
鉴于以往实际工作中的经验教训，防止地方政府插手相关事宜，有碍司法公正，各地相应设立的内务部、公安部以及监察部的分支机构，一律作为以上中央三部的派出机构，直接接受本部的领导，一应财物均由本部统一调配。
而在林海丰忙着这些的同时，郑南也在着手指导律政部，为今后施行新制法院的组织法及刑事诉讼法，采行检察官制度、律师制度做着一应充分的准备。在这股春风之中，天京司法警官学校、上海法学院也相继正式成立，一大批经过战火考验的年轻有为的青年军人，从各地集中到了这里，不久，他们将成为天朝未来的第一批接受过科学、系统培训的法官和检察官。