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朱棣攻下金陵的第二天，聚集在南京的诸王及群臣便上表，劝其登其就帝，朱棣略做推辞，便也依允。再一日，朱棣谒孝陵（朱元璋墓），众臣备好法驾，奉了宝玺，呼迎万岁。历志多年、奋战四载的朱棣终于坐上龙辇，登殿即位，完成了他梦寐以求的帝王之志。随后朱棣下诏，将建文四年改为洪武三十五年，明年即为永乐元年。
做了皇帝的朱棣首先恢复周王橚、齐王榑等人的爵位，草草安葬朱允文（事实上皇宫中根本没有找到朱允文的尸体，只是找了具烧干的黑尸，对外宣称是建文帝而已。这事后面还有交待。），便开始了疯狂的报复。在随后的日子里，杀齐泰、黄子澄、方孝孺、铁铉等多名建文旧臣，灭其族，以妻女入教坊司充为妓女，株连家眷、好友其计一万多人。
朱棣登基后，杀人之多，手段之狠，为历朝历代惨杀敌对方官吏臣下之最重，不但建文朝不降的一个不剩，便是归降了的，他也不曾放过。第一个带兵征燕的老将耿炳文，归降之后仅仅在朱棣称帝的第二年，刑部尚书郑赐、都御史陈瑛便劾其衣服器皿有龙凤饰，玉带用红鞓，僭妄不道，耿炳文自杀。其长子璇，曾任前军都督佥事，娶的便是懿文太子长女江都公主，更是在永东初年便坐罪论死，其他两个儿子也不得善终；相对于耿炳文，第二次带兵伐燕的李景隆处境要好一些。他在战场上草包，又是最早打开南京城归降的重臣，朱棣自然不能太的亏待于他，登基之后被授以奉天辅运推诚宣力武臣、特进光禄大夫、左柱国，增岁禄千石，朝廷有大事，李景隆犹以班首主议，可谓风光一时。永乐二年，周王首先出来告发他建文时至邸受赂，马上刑部尚书郑赐等人便劾他包藏祸心、蓄养亡命、谋为不轨。这时候的朱棣故意做了个样子，下诏命下面不要提这些旧事，但是事过不久，成国公硃能、吏部尚书蹇义与文武群臣，大殿上劾李景隆及弟增枝逆谋有状，六科给事中张信等复劾，这次朱棣动了真的，下诏削其勋号，绝朝请，不过还是让他以公归第，奉长公主祀。又过了不久，礼部尚书李至刚等人又道：“李景隆在家，坐受阍人伏谒如行君臣大礼，是大不道；增枝多立庄田，蓄僮仆无虑千百，意叵测。”于是李景隆被夺爵，没其财产。绝望中李景隆绝食几日尽然不死，一直活到永乐末乃卒；李景隆之后对朱棣能够形成威胁的建文将领当属盛庸与平安。朱棣入京后，盛庸见大事已去，以剩余力量归降，被朱棣命以守护淮安。永乐元年，千户王钦揭发盛庸的罪状，被朝廷马上进为钦指挥同知，于是看出苗头的都御史陈瑛上本劾盛庸有怨气、有异图，盛庸无奈自杀；平安被俘之后，朱棣爱其才勇，不忍马上杀他，选了精锐卒卫将其押送北平，交朱高炽看管，并嘱咐善待他。等到朱棣即位，诏平安为北平都指挥使，后又进行后府都督佥事。永乐七年三月，朱棣巡视北平，在奏章上见到平安的名字，对左右说：“平保儿尚在耶？”平安闻之，遂自杀。当然，这些都是后事了，由于是本书出现的重要人物，在这里对其命运作个交待。
建文帝忠臣中惟一能够善终的，只有魏国公徐辉祖。朱棣即帝之后召见他，徐辉祖在大殿上一言不发，只道自己是功臣之后。由于他是中山王徐达之子，又是徐皇后的亲弟，家有免死的誓书铁券，朱棣免其一死，革其禄米，把他一直软禁在家。
登上了皇位、杀了个痛快的朱棣终于想到还有另外一件极为紧迫的事应该马上去做，那便是分封有功之臣，但是具体要封谁、怎么分，他迟迟没有态度。这一天应招而来的姚广孝进入大殿，却发现那里只有朱棣一个人默默沉思，他不敢打扰，只好躬身站在一旁。
“广孝，你说一班功勋之中，谁当第一？”沉思中的朱棣突然发问。
姚广孝想了一想，躬身道：“若以谋划、贡献，飞龙不做二人之选；若论军功，高煦与张玉当有一拼。”
朱棣摇头，回了身笑道：“做人自当公平于心，朕这四年交战，无论谋划、军功与贡献，飞龙都是位列第一，我这个二弟可是个大功臣呢。”
姚光孝忙道：“皇上说得是，飞龙却非凡凡之辈。”
朱棣抬头上望，半天才道：“前几天迁懿文太子陵园，有一个发现着实让人吃惊，广孝猜猜会是什么？”
懿文太子便是朱标，也就是朱允文的父亲，由于他死于朱元璋之前，并没有做过一天的皇帝，朱允文登基后追封其父为兴宗孝康皇帝，到了朱棣朝自然要被打回原形，迁出皇陵了。可是这里面又能发生什么事呢？不就迁个坟吗，难道会是有了朱允文的下落？姚广孝不敢乱想，只好摇头，道：“臣确实猜不出来。”
朱棣冷哼一声，道：“你想想，福临那丫头死后葬在那里了？”
姚广孝惊得冷汗直流，半天后才敢小心地道：“不会是”
朱棣怒道：“什么是不会？再不会发生的事到了孟飞龙的手里，也就会了。”
姚广孝惊道：“飞龙怎能如此糊涂，这可是欺君之罪呀。”
朱棣叹道：“他能由皇宫中救出秦雪情，又敢在朕的面前骗走福临，天下还有什么事是他不敢做的？”
姚广孝心中暗叹，这人太也胆大，低了头不敢答言。
朱棣跺着脚叹道：“飞龙是朕的兄弟，是我大明中兴的第一功臣，却又做出这样大逆不道、灭绝人伦的事来。集大功大过于一身，飞龙！飞龙啊，你让我对你如何是好？”
半天之后，姚广孝小心地道：“万岁，臣仔细想了想，是不是飞龙无意于朝中伴架？”
朱棣惊奇地道：“何以见得？”
姚广孝道：“圣上请想，飞龙救了福临郡主，他又将如何安置于她？”
朱棣似有所思，半天道：“你是说，到了南京”
姚广孝点头，道：“正是。如果飞龙进京就职，一个福临郡主他是藏不过去的。”
朱棣摇头道：“别人或许不能，他却有办法。”
姚广孝总算摸清了些头脑，向前道：“圣上不知记不记得，当年我们北平议事，飞龙就曾表示过这个意思。”见朱棣沉思不语，姚广孝道：“万事开头难，如果飞龙有了说法，其他人也就能安静下来了。”
朱棣道：“我就是为飞龙这事作难呀，先生何以教我？”
姚光孝道：“圣上不妨把飞龙请来，放鱼与熊掌于案上，请飞龙自选。”
朱棣点头，笑问：“你以为他会选那个？”
姚广孝道：“应该是老马识途吧。”
看朱棣还在犹豫，姚广孝道：“英雄气短，儿女情长，飞龙这一生怕要被个情字缠住了手脚。”
朱棣默默点头。