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我们所知道的“灵隐书藏”为清浙江巡抚阮元所建。这座书藏成为我国最早的公共图书馆。
阮元，字伯元，号芸台，乾隆进士，江苏仪征人，于经学、训诂学颇有造诣，道光时官至体仁阁大学士。
阮元到浙江出任督学一职，是在清嘉庆二年（公元1797年）。他到任后，曾发动民工疏浚西湖，将从湖底挖出的淤泥于湖中堆成小岛，就是现在的“阮公墩”
政务之暇，阮元继续钻研经学与训诂学，在杭州创设“诂经精舍”舍址设于孤山平湖秋月之右侧，选孤山之阳，构屋五十间，从浙江各地聘请经学学者数十人，修辑经籍纂诂一书，于嘉庆四年（公元1799年）刊出。嘉庆五年（公元1800年），阮元以巡抚身份再度来浙，于第二年在当年修经籍纂诂一书的旧址上增修房屋，创办书院，称之为“诂经精舍”这所书院，前后时间达百年之久，先后培养了大批人才。在该书院先后担任主讲的有阮元、王昶、孙星衍、俞樾、谭献等著名学者。与此同时，阮元还汇刻了学海堂经解，校刊了十三经注疏。除此之外，阮元对天文、历算、地理等亦颇有研究，著有畴人传、积古斋钟鼎彝器款识等书，为研究我国历代天文学家、数学家和古文字学有宝贵资料。
我国历史上的藏书有“释藏”（寺院藏书）、“道藏”（道观藏书）与“儒藏”（一般士人藏书）之称。渐渐地，便有了“释儒合藏”之现象。如白居易曾分藏其集于东林诸寺；孙洙曾得古文苑于佛龛。南宋洪咨夔将自己收藏的一万三千卷书转藏于西天目宝福院闻复阁。何以会出现文人藏书于寺院之情况呢？因寺院远离尘嚣，地处幽僻之处，所存典籍，可以传之久远。故除了“诂经精舍”有丰富的藏书之外，阮元又在灵隐建有“灵隐书藏”
其实，灵隐书藏的创议者不是阮元，而是清代著名学者翁方纲，阮元经手操办了这件事。阮元撰有杭州灵隐书藏记一文，载道：“嘉庆十四年（公元1809年），杭州刻朱文正公、翁覃溪先生诸集将成。覃溪先生寓书于紫阳院长石琢堂状元曰：‘复初斋集刻成，为我置一部于灵隐。’”同年仲春十九日，阮元与顾星桥、陈桂堂、石琢堂、郭频伽、何梦华、刘春桥、顾简塘、赵晋斋等名士同游灵隐，吃饭之际，谈及翁方纲欲藏复初斋集于灵隐之事，众人均以为这是一件大好事“今复初斋一集尚未成箱箧，盍使凡愿以其所著、所刊、所写、所藏之书藏灵隐者，皆裒之，其为藏矣，大矣！”
众议一决，遂决定在灵隐寺大悲佛阁后造木厨，以唐人宋之问灵隐寺诗中“鹫岭郁*（上“艹”头下“召”）*（左“山”右“尧”）”编号，每一字为一橱号。“选云林寺玉峰、偶然二僧簿录管钥之别，订条例，使可永守。复刻一铜章，遍印其书，而大书其阁匾曰：灵隐书藏盖缘始于复初诸集而成于诸君子立藏之议也。”
书藏条例共有九款，分别如下：
一、送书入藏者，寺僧转给一收到字条；
二、书不分部，惟以次第分号，收满‘鹫’字号厨，再收‘岭’字号厨；
三、印钤书面暨首叶，每本皆然；
四、每书或写至腊或挂绵纸签以便查捡；
五、守藏僧二人由盐运司月给香灯银六两。其送书来者，或给以钱，则积之以为修书增厨之用，不给勿索；
六、书既入藏，不许复出。纵有审阅之人，但在阁中。毋出阁门。寺僧有鬻借霉乱者，外人有携窃涂损者，皆究之；
七、印内及簿内，部字之上分经史子集填注之，疑者阙之；
八、唐人诗内复对天两字，将来编为后对后天二字；
九、守藏僧如出缺，由方丈秉公举明静谨细、知文字之僧补充之。
“灵隐书藏”规章制度之严，与现在的公共图书馆相比，有过之而无不及。不过，它比宁波天一阁好得多，可以在阁内阅览图书，与现今图书馆的古籍藏书楼之制度差不多。图书不得外借，然可在馆内阅览，书籍损失者，同样追究责任。
同一年（公元1809年）的十二月二十二日，翁方纲写了灵隐书藏歌，以添阮元杭州灵隐书藏记之趣：
灵隐书藏事孰始，始自杭刻朱翁诗。
朱公未及藏记读，阮公索我书之碑。
我诗已愧阮公刻，缘此议藏能毋嗤。
同人去夏集湖上，石子镌我禅壁词。
佥曰一集未盈箧，盍仿曹氏书仓为。
遂启佛阁厨七十，以备续度签装治。
主以二僧编以例，匡庐白集宁闻兹。
石子书来趣函寄，正我盥写金经时。
古称大都与通邑，名山藏副于京师。
名山名刹更增重，岂比家刻传其私。
苟非悬之免指摘，或且倍甚来瑕疵。
往者新城王叟集，青藜刘君隶写之。
头藏嵩少果践否，林吉人楷名空驰。
呜呼寸心千古事，甚于镜影公妍媸。
念此仿徨汗浃背，头缄油素又屡迟。
上有灵峰下湖水，鉴我朴拙心无*（*：左为“颐”字之左偏旁，右为“欠”字）。
继有裹函来寺者，何以助我加箴规。
写经微愿那足补，日日斋祓勤三思。
翁方纲及阮元他们的想法是美好的，将自己的书藏之于名山古寺，既可于香烟绕缭之中闻阵阵书香，又可使之得以永久流传，不愧为藏书史上之佳话。然天不遂人愿，丁丙焦山藏书记载：“清咸丰十一年（公元1861年），杭州再陷，文澜阁书摧毁六七，而‘灵隐书藏’亦随龙像俱灰。”
原本是想让书流传于永久，其实，寺院也不安全，祝融氏经常光顾的地方就是寺院。光是灵隐一寺，历史上就曾经有许多次“寺毁于火”之记载。
眼看着心爱的藏书被火龙所吞噬，其怅然之情可想而知。一介书生，也许会重名重利，可最重的还是书。书毁之于火，会成为书生的终生之痛！
呜呼！安得祝融不复来，大批天下书生俱欢颜！